Rahmenhandlung und Dialoge von Hero Emblems wirken wie in einem klassischen Japan-Rollenspiel. Kämpfe werden nicht direkt ausgeführt, sondern durch die Kombination von Steinchen auf der unteren Bildschirmhälfte ausgelöst. Der Spieler sieht ein Drei-gewinnt-Feld (Match-3- Feld), in dem 7 x 8 Steinchen durcheinandergewürfelt sind. Durch Verschieben muss man Dreier bilden, besser noch Vierer oder gar Fünfer. Es gibt vier unterschiedliche Steinchen, für jeden Helden jeweils eins: Wenn man eine Combo aus Sternchen-Symbolen bildet, führt die Zauberin einen Angriff aus, beim Kombinieren der Herzen nimmt die Heilerin eine Gruppengenesung vor und bei einem Schwert-Dreier führt der Ritter einen Schlag gegen die Feinde aus. Die Kämpfe in Hero Emblems laufen rundenweise ab, wobei das Ziel stets darin besteht, Fünfer zu bilden und dadurch Spezialangriffe im Spiel freizuschalten.
Die Gegner wiederum versuchen, die Steinchen festzuketten, zu vergiften oder die Aktionen der Helden durch ähnlich fiese Gemeinheiten zu hemmen. Die Story ist peppig, die Dialoge klingen mitunter gar witzig und die Schauplätze sehen farbenprächtig aus. Leider wiederholen sich die Kulissen häufig, auch gibt es nicht allzu viele Gegnertypen. Das Spiel dauert rund acht bis zehn Stunden, wobei man manche absolvierten Abschnitte noch einmal lösen muss, um die Helden aufzuleveln. Einige Gegner sind schwierig zu besiegen, etwa die Endgegner auf dem Piratenschiff. Hier hilft nur eine kluge Auswahl der Waffen und Hilfsmittel sowie ein sinnvolles Management der Helden-Embleme, die dem Spiel den Namen gaben.