Die Handlung von Crystal Siege vollzieht sich in Levels, in denen man verschiedenartige Verteidigungstürme an geeigneter Stelle errichtet und wartet, bis die Gegner wellenweise anrollen. Bei einem Angriff beginnen die Türme den automatischen Beschuss und steigen mit Dauer der Benutzung eine weitere Stufe auf. Der kleine Held kann auf einem Drachen zu Brennpunkten eilen, um dort das Werk der Türme zu unterstützen.
Die Verteidigung der Kristallsplitter erfordert das Eingreifen des Helden. Die Türme lassen sich aufrüsten.
Zudem kann er gestohlene Edelsteinsplitter zurückholen, solange die Räuber den Bildschirm noch nicht verlassen haben. Gut: Enthalten ist ein komplexes Rollenspielsystem inklusive Stufen, Zauber-Updates und besseren Waffen. Der Spieler kann Zaubersprüche auswählen und in einem Baumsystem Upgrades hinzukaufen. Dadurch kann man eine eigene Spielweise entwickeln.
